美国波医院多名医学专家在《新英格兰医学杂志》联合发布关于SARS-CoV-2在免疫低下宿主中持续进化的重要研究。
作者介绍了一个特殊的病例。一名45岁男性，患有严重抗磷脂综合征并弥漫性肺泡出血，正在接受抗凝治疗、糖皮质激素、环磷酰胺、美罗华单抗和厄昔单抗，因发热入院。入院第0天，通过鼻咽拭子标本的SARS-CoV-2逆转录酶-聚合酶链反应（RT-PCR）检测出此患者确诊Covid-19，患者接受5天疗程的瑞德西韦（Remdesivir）治疗。由于怀疑弥漫性肺泡出血，糖皮质激素剂量增加。他在第5天出院，不需要补充氧气。
从第6天到第68天，病人单独在家中隔离，但在隔离期内，他因腹痛三次住院，一次因疲劳和呼吸困难住院。入院时伴有低氧血症，引起复发性弥漫性肺泡出血，并用增加剂量的糖皮质激素治疗。SARS-CoV-2的RT-PCR循环阈值（Ct）在第39天增加到37.8，表明感染得到了缓解。
第72天（医院因低氧血症入院4天），鼻咽拭子的RT-PCR检测呈阳性，Ct值为27.6，引起Covid-19复发的担忧。患者再次接受瑞德西韦（10天疗程），随后的RT-PCR检测为阴性。
在第天，患者因蜂窝织炎入院。第天，出现低氧血症，最终需要高流量氧治疗。考虑到复发性弥漫性肺泡出血，患者的免疫抑制作用逐渐加重。在第天，RT-PCR-Ct值为32.7，这引起了医生对第二次Covid-19复发的担忧，患者接受了另一个为期5天的瑞德西韦疗程。随后的RT-PCR检测为阴性。考虑到持续的呼吸衰竭和持续的弥漫性肺泡出血，患者除了糖皮质激素外，还接受了静脉注射免疫球蛋白、静脉注射环磷酰胺和每日鲁索替尼（ruxolitinib）治疗。
在天，RT-PCR-Ct值为15.6，这引起了Covid-19第三次复发的担忧。患者接受抗SARS-CoV-2突刺蛋白（Regeneron）的SARS-CoV-2抗体鸡尾酒。在第天，他因低氧血症接受气管插管。第天的支气管肺泡灌洗标本的RT-PCR-Ct值为15.8，并生长烟曲霉。病人服用了瑞德西韦和抗真菌药物。第天，他死于休克和呼吸衰竭。
医生对病人体内的SARS-CoV-2进行系统发育分析，发现病人的持续感染和病*的加速进化相一致。氨基酸的变化主要发生在突刺蛋白基因和受体结合区，它们分别占病*基因组的13%和2%，但有57%和38%的变化。病*感染性研究证实了第75天和第天鼻咽样本中存在传染性病*。
尽管大多数免疫功能低下的人能有效清除SARS-CoV-2感染，但这一病例突出了持续感染的可能性，以及与免疫受损状态相关的病*加速进化。
图1从纵向收集的鼻咽拭子中进行SARS-CoV-2全基因组病*测序。
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