免疫接种是传染病预防控制策略中最经济、最有效、最方便的手段。北京早在1978年就在全国率先按照国家提出的免疫规划方针，将卡介苗、脊髓灰质炎疫苗（糖丸），百白破三联疫苗、麻疹疫苗纳入到了免疫规划。在此基础上，将流脑疫苗、乙脑疫苗纳入了免疫规划，之后的三十多年中，市委、市*府不断加大免疫规划工作力度，截至2007年底，北京市的免疫规划疫苗达到了17种（含四种应急接种、十二种常规免疫疫苗），可以预防的疾病也多达17种传染病。至此，北京市成为全国第一个全面落实国家扩大免疫规划的省市。
三明医改后药占比的变化，让制药企业和流通企业十分紧张。李玲也直言： 三明医改最大的红利就是大幅减少了药品的使用和药品流通的费用。